Este episodio debe diferenciarse de un trastorno del estado de ánimo debido a enfermedad médica, debido a que en este último diagnóstico, los síntomas que presenta el sujeto y que son similares a los de un episodio hipomaníaco, son consecuencia fisiológica de la enfermedad médica. Esta decisión de ser capaz de diferenciar, un episodio hipomaníaco de un trastorno del estado de ánimo debido a enfermedad médica, se hace en base a la historia, y exploración física del sujeto.

Si sabemos que los síntomas de una alteración del estado del ánimo son consecuencia directa y fisiológica del consumo de algunas sustancias, entonces el diagnóstico es trastorno del estado de ánimo inducido por sustancias, diagnóstico que no se debe confundir con el de un episodio hipomaníaco, ya que en este caso los síntomas no son producidos por la sustancia. Las sustancias que pueden producir tales síntomas son una droga, o también pueden ser precipitados por el tratamiento de una depresión, como es la terapia electroconvulsiva o la terapia lumínica. En estos casos el diagnóstico recibido sería el de trastorno del estado de ánimo inducido por la terapia electroconvulsiva, con síntomas hipomaníacos, por ejemplo.

Es importante distinguir los episodios maníacos de los episodios hipomaníacos. Aunque ambos tengan los mismos síntomas, la alteración en el episodio hipomaníaco no es tan grave; si bien, algunos episodios hipomaníacos evolucionan hasta episodios maníacos completos.

Tampoco hay que confundir un episodio hipomaníaco con un trastorno por déficit de atención con hiperactividad, ya que ambos coinciden en los síntomas de la actividad excesiva, el comportamiento impulsivo, el empobrecimiento del juicio y la negación de los problemas. Pero, se distinguen bien, si atendemos a criterios como el inicio, que en un déficit de atención con hiperactividad es temprano, además de tener un curso crónico. El trastorno además carece de un estado de ánimo expansivo o elevado, mientras que en el episodio hipomaníaco son características esenciales.

El episodio hipomaníaco debe distinguirse de la eutimia.

En la CIE-10 se añaden para el diagnóstico del episodio hipomaníaco, dos síntomas más, como son el aumento de la energía sexual y el incremento de la sociabilidad. Aparte en la CIE-10 tampoco se recogen algunos síntomas que sí están presentes en el DSM-IV TR, como son el aumento de la autoestima y la fuga de ideas.