El trastorno que nos ocupa se debe diferenciar del trastorno del estado de ánimo debido a enfermedad médica. Se establece el diagnóstico de trastorno del estado de ánimo por enfermedad médica cuando se considera que la alteración es consecuencia directa de la enfermedad médica específica. Esta decisión debe basarse en la historia clínica y la exploración física.

Lo mismo ocurre con el diagnóstico de trastorno del ánimo inducido por sustancias y el diagnóstico de trastorno ciclotímico. El primero de ellos produce la alteración del ánimo el consumo de una sustancia, mientras que dicha alteración en el ánimo desaparece tras el cese del consumo de la sustancia.

El trastorno bipolar I y el trastorno bipolar II, con el sobreañadido de ciclos rápidos, pueden parecerse al trastorno ciclotímico por la fluctuación en los estados del ánimo. Si bien, si atendemos a la definición de trastorno ciclotímico, una de las características es que no cumple los criterios para un episodio depresivo mayor, maníaco o mixto.

También puede confundirse este diagnóstico con un trastorno límite de la personalidad, ya que este trastorno presenta marcadas oscilaciones del estado de ánimo similares a las acaecidas en el trastorno ciclotímico.