Es muy importante saber distinguir entre lo que es una alteración del estado de ánimo inducido por sustancias, muy relacionado con la intoxicación y la abstinencia; de lo que es propiamente dicho la intoxicación por sustancias y la abstinencia de sustancias.

Para poder diagnosticar trastorno de ánimo inducido por sustancias, los síntomas deben exceder significativamente a los síntomas producidos por una intoxicación o una abstinencia, ya que deben merecer una atención clínica diferencial.

Si la alteración del estado de ánimo inducida por sustancias aparece única y exclusivamente durante el transcurso de un delirium, los síntomas se consideran característicos del delirium, y por lo tanto, no se diagnostica este trastorno.

Para poder distinguirlo de un trastorno primario, se debe tener en cuenta que en el trastorno del estado de ánimo inducido por sustancias, una sustancia es la que está etiológicamente relacionada con los síntomas.

Cuando un sujeto está recibiendo tratamiento por una enfermedad mental o médica, para que se pueda diagnosticar un trastorno del estado del ánimo inducido por sustancias, los síntomas deben comenzar cuando se está tomando el medicamento, o bien durante la retirada del mismo, siendo, en este caso, los síntomas producidos por la abstinencia a dicha sustancia. Si embargo, si lo síntomas persisten más allá de cuatro semanas, ya debe considerarse la posibilidad de otras causas que alteren el estado del ánimo.

Cuando el clínico considera que los síntomas que constatan una alteración del estado del ánimo son consecuencia directa de los efectos de una enfermedad que padece dicho sujeto, el clínico debe albergar el diagnóstico de trastorno del estado de ánimo debido a enfermedad médica. Normalmente es la historia clínica, la que ayuda al experto a considerar dicha posibilidad. Si en estos casos, el clínico determina que la alteración es debida tanto al consumo de alguna sustancia como a la enfermedad médica que posee, pueden realizarse ambos diagnósticos. Si, por el contrario, el clínico no posee datos suficientes y concluyentes de que la alteración en el estado de ánimo es causa de una sustancia o bien de una enfermedad médica, el diagnóstico más apropiado será el de trastorno depresivo no especificado o trastorno bipolar no especificado.

En los Criterios Diagnósticos de Investigación de la CIE-10, este trastorno viene recogido con el nombre de trastorno afectivo residual debido al consumo de sustancias.